World Index of BioMolecular Visualization Resources

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Moleküldarstellungen in Deutsch, Visualización molecular en Español, Visualisation de molécules en Français:
Non-English Molecular Visualization Resources (with or without Chime)

Titles     Subjects     Authors: Detailed Compact     HOME


    
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  3D Molecular Modeling Homepage:   (Japanese )
Hundreds of pharmaceutical organic compounds may be viewed in Chime. The atomic coordinate files are in MOL format and may be downloaded by clicking on MDL to raise Chime's menu, then File, Save Molecule As. Also available for each compound is a simulation of thermal motion; these may be downloaded as XYZ files.        

  Agua (simulación):   (Spanish )
Una simulación teórica (hecha con MDL Sculpt) de 10 moléculas de agua agrupándose en una gota compacta mediante enlaces de hidrógeno. Se muestra usando modelos animados de Jmol. Incluye diez preguntas para los estudiantes. Versión Jmol de la guía Chime en inglés de Eric Martz.

  Analisis de la interaccion entre Gal4 y el DNA:   (Spanish )
Descripcion del complejo Gal4-DNA para observar tanto la zona de contacto entre ambas moleculas como la estructura del peptido que reconoce al DNA. Tambien se muestra la posicion de los atomos de Zn. Se trata de una traduccion "modificada" de un script de Eric Martz

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  Anleitung fuer die Molekuelbetrachter Rasmol und Chime:   (Deutsch, German )
Short description of the molecule display softwares Rasmol and Chime with links to installation, help function and test possibility. An extended description outlines the possibilities to visualize the molecules interactively by mouse control or right-click-pull-down-menus. Additionally, links to education units, interactive demonstrations and molecule data bases are present.

Kurze Beschreibung der Molekuelbetrachter Rasmol und Chime mit Links zum Download (mit Installationshilfe und Testmoeglichkeit). Eine ausfuehrliche Beschreibung erklaert viele Moeglichkeiten zum interaktiven Betrachten der Molekuele durch Maussteuerung und Rechtsklick-Menue. Außerdem sind Links zu Unterrichtseinheiten, interaktiven Darstellungen und Molekueldatenbanken vorhanden.

  Aula Virtual de Biologia Molecular:   (Spanish )
Explicacion de los puntos mas importantes de biologia molecular con la ayuda de Chime. Cubre desde la estructura de los acidos nucleicos y proteinas hasta la ruta de informacion biologica. Contiene tambien unas ropuestas de praticas de visualizacion molecular. En CONSTANTE ACTUALIZACION.

It covers the most important aspects of molecular Biology using Chime, from nucleic acids and protein structure to biological information pathways. It also contains practical proposals for molecular visualization. It is under constant update.

 

  Ballonmoleküle:   (Deutsch, English )
Modellierballons kennt man in erster Linie als Spielzeug oder in Form von Ballonfiguren. Aber es geht auch anders. Auf dieser Seite wollen wir Ihnen zeigen, wie Sie Modellierballons für den Bau von chemischen Molekülen einsetzen können. Sie benötigen dafür eigentlich nur Ballons, eine Pumpe und etwas Fantasie. Die Knoten, die Sie benötigen, zeigen wir ihnen hier.

Instructions are given for "knotting" balloons in order to sculpt inexpensive and fun molecular models. Detailed steps for particular molecules are not given, however. Finished models are pictured for tetrahedron, octahedron, Buckminster-Fullerene, diamond, graphite, faujasite, cuban cluster, and a DNA double helix. If you work out details for a specific molecule, please contact emartz@microbio.umass.edu so they can be included here!

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  Bicapa lipídica y canal de gramicidina:   (Spanish )
Versión cuádruple: con Chime o Jmol, en español o en inglés. Muestra colesterol y fosfatidilcolina y luego ilustra el ensamblado de un modelo cristalino de bicapa lipídica hidratada. Muestra también el resultado de dos simulaciones por dinámica molecular (Helmut Heller et al.) que generan bicapas en gel y fluida. Luego muestra un canal de gramicidina en una bicapa de fosfatidiletanolamina (Serge Crouzy et al.). Adaptado a Jmol (2005-2006) y a Chime (2001) por Angel Herráez, partiendo de los guiones Rasmol de Eric Martz (1997).

  Biochemie zum Ansehen: molekulare Strukturen vom Atom zum Makromolekuel:   (Deutsch, German )
Chime-Scripte mit Erklaerungen auf Deutsch: Molecules in the news:

  Biomodel:   (Spanish, Portugues )
(Todo en versiones Chime y Jmol.) Módulo de aprendizaje guiado que pretende resaltar la estructura tridimensional y la interacción entre macromoléculas. Funciona mediante modelos Chime o Jmol dentro de una página web explicativa. Permite tanto la visita guiada como la intervención del usuario sobre el orden de visita y sobre los modelos. Biomodel-1 cubre aminoácidos, péptidos, estructura secundaria, terciaria y cuaternaria de proteínas (con ejemplos de hélice alfa, hoja beta, colágeno, hemoglobina e inmunoglobulina), DNA (formas A-, B- y Z-), RNA, interacciones de los ácidos nucleicos con motivos estructurales proteicos (nucleosoma, hélice-giro-hélice, hélice-bucle-hélice, homeodominio, cremallera de leucina, dedo de zinc) y complejos de RNA con proteína). Dirigido a estudiantes universitarios de Bioquímica y Biología Molecular. La versión Jmol tiene contenidos remodelados e incluye actividades para un aprendizaje más activo. Biomodel-2 es una versión Chime y Jmol del guión de Rasmol realizado por Eric Martz sobre bicapas lipídicas y canal de gramicidina. Biomodel-3, en versiones Chime y Jmol, es un módulo más básico dirigido a estudiantes de secundaria, que incluye glúcidos, lípidos, algunas vitaminas, aminoácidos, proteínas, bases nitrogenadas, nucleósidos, nucleótidos y ácidos nucleicos. Biomodel-4, en versiones Chime y Jmol, trata de la estructura del DNA (basado en la guía Chime "DNA structure" de Eric Martz). Biomodel-5, en versiones Chime y Jmol, se dedica a diversos aspectos de la estructura de biopolímeros.

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  Biomodel -em portugues-:   (Portuguese )
Self-guided tutorial, emphasizing 3D-structure and interaction between macromolecules. It is in Portuguese. Runs as either Chime or Jmol models inside an explanatory web page. Allows both guided tour and user-chosen pathway and action on models. Biomodel-1 uses Chime to cover amino acids, peptides, secondary, tertiary and quaternary structure of proteins (exemplified by alpha-helix, beta-sheets, collagen, hemoglobin and immunoglobulins), DNA (A-, B- and Z- forms), RNA, and interactions of nucleic acids with protein motifs (nucleosome, helix-turn-helix, helix-loop-helix, homeodomain, leucine zipper, zinc finger, and RNA-protein complexes). Addressed to University students of Biochemistry and Molecular Biology. Biomodel-2: a Chime version of Eric Martz's Rasmol script on bilayer membranes and gramicidin channel. Biomodel-3, also using Chime, is a lower-level module addressed to secondary school students, includes sugars, lipids, lipid bilayer, some vitamins, amino acids, proteins, bases, nucleosides, nucleotides and nucleic acids. Biomodel-4 uses Jmol and is derived from Eric Martz's guide of DNA structure.

  Bioquímica e Biologia Molecular:   (Portuguese )
Chime pages including dozens of small molecules (metabolites, lipids, sugars, vitamins, coenzymes, nucleotides), hormones, amino acids, hemoglobin, carbonic anhydrase, DNA, nucleosome, leucine zipper, TATA-binding protein, zinc finger, and restriction endonuclease.

  BioROM:   (Spanish )
El proyecto conjunto que presentamos proviene de una feliz convergencia entre diversos proyectos individuales que se estaban desarrollando independientemente, pero que al implementarse como una unidad resultan ser complementarios y, como resultado, mucho más potentes. No pretende ser un sustituto de las clases teóricas, sino un complemento a éstas, cubriendo aquellos aspectos insuficientemente tratados en ellas. Y mucho más...   
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  Diseño de proteínas:   (Spanish )
Pequeño curso introductorio al estado actual del diseño racional de proteínas, ilustrado con imágenes creadas con Chime y RasMol.
A short slide-show on the current state of rational Protein Design, illustrated with Chime- and RasMol-based pictures.

  Docencia. Contenidos. Roolpi.:   (Espagnol, Spanish )
Estructura de los aminoácidos con especial atención sobre la polaridad de la cadena lateral. El enlace peptídico: características, ángulos, el carbono alfa, etc. Estas páginas requieren los plug-ins Chime y Flash.

This tutorial presents the structures of amino acids (e.g. side chain polarity) and the peptide bond (features, angles, alpha-C, etc.). These pages require the Chime and Flash plugins.

 

  Estereoisomería de biomoléculas:   (Spanish )
Ejercicios con autoevaluación, para el reconocimiento de estructura y estereoisomería en azúcares y aminoácidos. Utiliza modelos moleculares tridimensionales e interactivos. Versiones con Chime y con Jmol.

Exercises with self-evaluation, for recognition of structure and stereoisomerism in carbohydrates and amino acids. Uses 3D interactive molecular models. Versions with Chime and Jmol.

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  Estructura de TBP. Roolpi. 2001.:   (Espagnol, Spanish )
Estructura de TBP-II y su interacción con el DNA y TFIIB. Esta página ha sido traducida y adaptada del sitio web realizado por Rolf Bergmann (Universidad de Hamburgo). Esta página requiere el plug-in Chime.

Structure of TBP-II and its interaction with DNA and TFIIB. Translated and adapted from the website by Rolf Bergmann (University of Hamburg). Requires the Chime plugin.

  Estructura del DNA:   (Espagnol, Spanish )
Traducción de la nueva versión 2.81 de la guía de Eric Martz "DNA Structure". Contiene modelos Chime de un DNA bicatenario de 17 pares de bases. Se trata de un complemento a los textos o las clases sobre estructura de DNA, ya que no es autoexplicativo sino interactivo. Cada pantalla contiene botones que resaltan características del DNA. Pueden ser pulsados en cualquier orden, pero el resultado dependerá del orden en que se pulsaron. Consta de cinco páginas donde se hace hincapié en (1) los pares de bases y los puentes de hidrógeno, (2) el código de bases, (3) cada una de las hebras y el esqueleto helicoidal, (4) el antiparalelismo y los extremos de las hebras, y (5) unas preguntas de autoevaluación. También se incluye una sencilla animación de la replicación base a base. Para descargar el pack completo, consultar con el autor.

  Estructura del DNA (con Jmol):   (Spanish )
Adaptación que usa Jmol, equivalente a la guía del mismo nombre ya existente para Chime. Actualizada en 2006.

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  EXLNT: Search and display tools for a database of 3-D Structures of Protein and DNA:   (English, French, German, Spanish, Swedish, Russian )

A searchable database of information on sequence, hetero atoms, motifs and structural class extracted from the PDB, SCOP and PROSITE. 

PDB	AC		DO		EC
1fbl   PS00546    PDOC00472       EC:3.4.24.7 KEGG WIT      Fibroblast (Interstitial) Collagenase (Mmp-1    
1hfc   PS00546    PDOC00472       EC:3.4.24.7 KEGG WIT      Fibroblast Collagenase (E.C. 3.4.24.7) - Cha    
1mmp   PS00546    PDOC00472       EC:3.4.24.23 KEGG WIT     Matrilysin      
2aig   PS00142    PDOC00129       EC:3.4.24.46 KEGG WIT     Peptidomimetic Inhibitor Pol647 
2ayk   PS00546    PDOC00472       EC:3.4.24.7 KEGG WIT      Collagenase     
 

1a1g MERPYACPVESCDRRFSDSSNLTRHIRIHTGQKPFQCRIC  Dsnr Zinc Finger Peptide 
1ard RSFVCEVCTRAFARQEHLKRHYRSHTNEK  Yeast Transcription Factor Adr1 (Residues 102 
1bbo LKKHIRTHTDVRPYHCTYCNFSFKTKGNLTKHMKSKAHSK  Human Enhancer-Binding Protein Mbp-1 Muta 
1bhi MSDDKPFLCTAPGCGQRFTNEDHLAVHKHKHEMTLKFG  Cre-Bp1
    

  Introduction a la Biochimie structurale:   (French )
L'Universite Montpellier 2 (Departement Biochimie-Physiologie) et l'UVF partagent un ensemble de documents pedagogiques qui sont mis a la disposition d'etudiants de Licence et de Maitrise de Biochimie. Ce site est en cours d'installation dans trois autres Universites francophones. Ils utilisent les logiciels de visualisations 3D Rasmol et WlabviewerLite. Ces derniers doivent etre prealablement installes sous Netscape.
Il contient les grands chapitres suivants, qui sont en evolution permanente au fur et a mesure des collaborations et de l'integration de r€sultats dernierement publies:
-Generalites sur les acides amines et les peptides.
-Generalites sur les interactions en cause dans les structures.
-Generalites sur les structures secondaires et tertiaires.
-Generalites sur les structures quaternaires (en construction)
-Generalites sur l'architecture des proteines.
-Generalites sur les familles de proteines.
-Domaines a.
-Domaines b.
-Domaines ab.
-Membranes biologiques.
-Aspects structuraux de la bio energetique.
-Enzymologie structurale.
-Interactions prot€ines-acides nucleiques.

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University Montpellier 2 (Department of Biochemistry & Physiology) and UVF collaborated to develop various teaching documents allowing undergraduate students to use 3D viewers in structural biochemistry programs. Rasmol and WlabViewerLite must previously be installed as Netscape plug-ins. Mirrors of this site will be open very soon in other 3 french-speaking Universities.
The site is submitted to continuous evolution, depending on extending collaboration and on addition of the content of recently published papers. It contains the following chapters:
-Introduction to amino acids and peptides.
-Introduction to molecular interactions.
-Introduction to protein secondary and tertiary structure.
-Introduction to protein quaternary structure (under construction).
-Introduction to protein families and folds.
- a Domains.
- b Domains.
- ab Domains.
-Biological membranes.
-Structural bioenergetics.
-Structural enzymology .
-Protein-nucleic acid interactions.    

  La cinetica Enzimatica:   (Italiano )
Una trattazione completa della cinetica enzimatica, dalla equazione di Michaelis Menten alla cinetica allosterica, con i vari tipi di inibizione. Presente una pagina che utilizza il plugin CHIME per visualizzare il meccanismo di un enzima allosterico. E' un lavoro essenzialmente di traduzione dall'originale inglese con alcune modifiche all'HTML per eliminare i frames.

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  La Proteina G: Tutorial in Italiano:   (italian )
E' un lavoro di traduzione di un lavoro di William McCLure dedicato alla struttura delle proteine applicata ad una specifica Proteina, la proteina G Uso intenso di Chime e javascript. Molto utile per lo studio delle proteine anche in Istituti tecnici e professionali per chimici e chimico biologici.  

  MOLECULAR MODELING Multimedia Hypertext:   (Italian )
Ipertesto multimediale di modellistica molecolare del Dipartimento di Chimica dell'Universita' di Napoli Federico II. Oltre a presentare i propri lavori di modellistica molecolare attraverso immagini, animazioni AVI, glossario e links, l'ipertesto si presenta come guida a tutte le risorse sull'argomento della Rete. Per lo studente, l'insegnante, il ricercatore o il semplice appassionato di tecniche di grafica molecolare.
Molecular modeling at University of Naples (Italy) by Marco Olivieri. For 3D biomolecules visualization you need Chime plug-in installed in your browser. Here you can find GIF images, PDB and MOL files, Molecular clips in AVI format and links to molecular modeling websites.

  MolUSc - Molecules pour un Usage Scolaire:   (French )
MolUSc is a Chime-based web resource in French (MolUSc is the French acronym for Molecules for Scholarly Use). It may be thought of as a simpler Protein Explorer. Its aim is to give students full access to Chime possibilities, without needing to know any RasMol script commands.
In MolUSc all commands are available in easy-access menus. MolUSc allows surface displays, selections from sequences, comparing two molecules... MolUSc works with Netscape Navigator and even better in Internet Explorer. MolUSc can be downloaded and used freely for non commercial purposes.

MolUSc est un programme de manipulation de molecules base sur le plug-in Chime (MolUSc signifie modelisation de Molecules pour un Usage Scolaire). L'objectif de MolUSc est de donner l'acces aux eleves a toutes les possibilites de Chime, au travers d'une interface conviviale, sans avoir a taper d'instructions de commande. MolUSc permet d'afficher des surfaces, de faire des selections a partir des sequences, de comparer deux molecules,... MolUSc fonctionne avec Netscape Navigator mais aussi avec Internet Explorer (meme mieux). MolUSc peut etre telecharge, et utilise librement dans un but educatif et non commercial uniquement

   
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  Pagine di Biochimica:   (Italian )
Pagine di Biochimica tradotte dall'originale in lingua inglese dell'Universit? dell'Arizona. HTML semplice, Uso del Plug in Chime, con alcune elaborazioni individuali. Dalla cinetica enzimatica, alle proteine, ai carboidrati, ai lipidi, emoglobina, Bioenergetica.

  Protein Explorer en Español:   (Spanish )
Traducción del programa Protein Explorer, original de Eric Martz. Protein Explorer es un programa derivado de RasMol y basado en el conector Chime para Netscape que permite, de una manera simple pero a un tiempo potente, investigar la estructura de macromoléculas y su relación con la función. Protein Explorer hace accesible el potencial de Chime y ofrece numerosas capacidades tanto para principiantes como para especialistas en estructura de proteínas. Mucho más sencillo de usar y mucho más potente que RasMol. Incorpora abundante ayuda sensible al contexto, una Visita Rápida, Lecciones. Vea más detalles en las páginas de la version original (http://proteinexplorer.org).   

  RasMol and Chime:   (spanish )
Se presenta un recurso educativo en el area de bioquímica, completamente en español, los manuales de uso tanto de Rasmol como de Chime están totalmente ilustrados con ejemplos fáciles de seguir que permiten una mayor comprensión del lenguaje de scripts tanto de Rasmol como de Chime, los ejemplos de desarrollo de páginas en chime ilustran fenómenos bioquímicos de enseñanza a nivel universitario.

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  RasMol, Manual de Referencia de RasMol:
El Manual de Referencia de RasMol ha sido traducido al español por Isabel Serván Martínez y José Miguel Fernández-Fernández de la Universidad de Granada, España.

The RasMol Reference Manual has been translated into Spanish by Isabel Servan Martinez and Jose Miguel Fernandez-Fernandez at the U Granada, Spain.

  

  Temas de Bioquimica Estrutural:   (Portuguese )

Animações em Chime: estrutura secundaria de proteinas e ligação do oxigenio à hemoglobina.

Chime animations: protein secondary structure and hemoglobin. More will follow eventually.   

  Virtuelle Molekuelmodelle (Tutorials in Chime):   (German )
Multimediale Lernumgebungen und Unterrichtseinheiten: Alkane und Isomerie; Aromaten; PSE; Kristallstrukturen; DNA; Antikoerper; Haemoglobin; t-RNA und Ribozyme. Alle Einheiten stehen fuer einen Download zur Verfuegung.
Organic Chemistry (alkanes and isomery, aromates), Inorganic Chemistry (periodic system of elements, structures of inorganic crystals) and Biochemistry Tutorials (DNA, antibodies, hemoglobin, t-RNA and ribozymes). Ready-to-Use (German language) and with possibility of downloading.

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  Visualisation de molécules en 3D:
En France, l'Institut National de Recherche Pédagogique fournit sur le serveur Biogéo, des pages dédiées à une version française de Rasmol (Rasmenu). Vous y trouvez traduits en français les scripts de Eric Martz sur l'ADN, le complexe antigène-anticorps, le CMH. Voir également en français les publications sur les utilisations pédagogiques de Rasmol (Barrère et alii, 1995 et 1997).

The National Institute of Pedagogic Research of France provides, under their Bio-Geo section, a French RasMol page, where you will find scripts on DNA, antibody, and MHC translated into French!. See the recent articles on educational use of RasMol in French by J. Barrère et al..

       

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